《中国水利百科全书》第一版于1991年3月出版，受到了水利界、出版界普遍的关注，曾荣膺全国优秀科技图书一等奖和水利科技进步二等奖。十多年来，水利事业和水利科学技术有了突飞猛进的发展，国际和国内形势也发生了一系列巨大的变化。为进一步适应我国水利事业的发展，及时增订出版《中国水利百科全书》新的版本，是时代赋予的一项神圣责任，也是新世纪广大读者的热切企盼。
出版第二版的必要性，突出地反映在四个方面：第一，需要扩充和完善内容，要在原有大水利概念和多学科兼收并蓄的基础上，努力充实“现代水利”方面的知识和技术内涵。第二，需要补充最近十多年来出现的水利科学技术的新成就、新资料，更新数据。第三，需要增添新的载体，出版电子版本(光盘)，体现出信息时代的特色，给读者提供更多方便。第四，需要适时弥补和修正第一版的疏漏和错误，进一步提高内容质量和编辑出版质量。
与第一版相比较，第二版在诸多方面做了改进，具体的变化表现为：第一，增加了“地方水利”和“著名水利工程”两个学科分支，进一步突出了百科全书的概述性和指南性作用。全书分支由19个扩充为21个。第二，对第一版所有的条目做了保留、修改、合并、撤消等类别的梳理处置，使条目和内容中的重复和矛盾大为减少，同时根据实际需要新增了一批条目，总条目数由4121条增至5219条(其中新增约1600条，约占总条数的30%)。第三，全书字数由原来的599万字增至近800万字，卷册由4卷改为3卷正文和1卷彩图，插图由2524幅(其中彩色463幅，黑白2061幅)增至3030余幅(其中彩色820余幅，黑白2211幅)。开本、版式、字体、分卷等也尽可能切近时代和切合实用。第四，与全书相配合，出版了众多的，按学科独立的分册本，以适应专业读者的需要。第五，加密了作为百科全书最重要的检索手段的内容索引，索引主题明显增详加密，释文内参见的数量也适度增多和更趋合理，以期进一步提高全书的检索功能。第六，为保持知识主题的完整性，撤消和合并了一批条目，在专业百科全书编纂技术特别是条目化方面进行了有益的探索。第七，删简了内容过于艰深的条目，以突出百科全书的基本功能和作用，即主要供水利科学技术人员、有关院校水利专业师生、水利系统职工使用，也供其他相关部门和社会上具有高中以上文化程度的读者求知解惑。
第二版保持并深化了中国第一部水利百科全书力求体现的几个特色：第一，学科包容和传承完整的“水利”概念，使我国历史学家、文学家司马迁界定的，近代水利科学家、教育家李仪祉高度概括的，中国特有的“大水利”概念一脉相承，绵延两千余年，熠熠生辉。第二，体现专业百科全书特点，除阐述基本知识、基本理论之外，尽可能多地设置了技术性条目和资料性条目，在技术内容上努力做到尽可能详实和更具有权威性，以提高全书的资料性和检索率。第三，全书条目按字顺编排(“全字顺”)，即全部条题按汉字拼音字母顺序编排，努力向现代标准型百科全书模式迈进。第四，检索系统力求齐全完备，除了读者不借助任何其他手段直接查检百科全书条目的全字顺编排之外，还编制了“条目分类目录”、“彩图目录”等目录系统，“条题汉字笔画索引”、“条题外文索引”、“内容索引”、“外国人名索引”、“外国(国际)组织机构及学术团体索引”等索引系统，“水利大事年表”，以及广布于释文内的参见系统，旨在形成“路路通”的读者检阅门径。
在第一版使用有年，听取了各种意见的基础上，2000年2月16日，水利部以水办[2000]49号文向全国近200个水利有关单位发出了“关于开展《中国水利百科全书》修订再版工作的通知”。经汪恕诚部长批准，正式成立了《中国水利百科全书》第二版编委会，领导编纂的全面工作。各分支设主编、副主编，负责本分支的撰写、初审和复审工作。
编纂工作井然有序。各分支对第一版逐条审读，判断条目的保留、修改或重写、合并、删除，以及增加条目，设计出分支的条目系列表。经全书主编、副主编审查，协商调整了重大遗漏或不必要的重复，汇总成全书的框架。2000年10月完成《条目总表》的编制。
各分支的编写工作实行分支主编责任制。撰稿人由分支主编遴选推荐，由中国水利水电出版社与撰稿人签订委托编撰合同书。审稿包括分支内的初审、复审和由全书主编、副主编分别为主审人和辅审人的终审，以及全书相关相近条目的组群审稿。2002年7月组群审稿结束。至此，《中国水利百科全书》第二版历时3年完成定稿。2004年1月和2005年1月，分两批出版了21本分册。
《中国水利百科全书》贯彻标准化的原则，严格执行国家标准和行业标准，积极采用国家统一颁布的名词术语。国内外地名的采用，以国家正式出版的地图和新近的《中华人民共和国行政区划简册》为准。对于一般习惯使用但不够标准的称谓，尽可能予以正名统一。同一概念或相近的概念，不同专业使用不同名称，或暂无统一名称的，则遵从专业习惯。不强行统一。
编纂出版《中国水利百科全书》是水利科技事业的一项基本建设。第二版编纂工作一如既往地得到了全国(包括台湾省和香港、澳门特别行政区)水利、水电、交通、建设、农业、林业等部门的有关院校、科研、生产、管理等单位及学术团体的热情支持和大力帮助，全国包括20多位科学院、工程院院士在内的1360位专家和学者直接参与了撰稿、审稿活动，他们殚精竭虑，字斟句酌，付出极大的心血，他们是水利事业的有功之臣。在此，谨向一切关怀和支持编纂出版活动的领导和同志们，表示诚挚的感谢，并衷心地祈望广大读者批评指正，以期异日能有更加完美的水利专业百科全书问世。
